أحب الحياة الهادئة فالتحق بدير بالقلمون حيث مارس الحياة التعبدية الهادئة في نسكٍ شديد مع دراسة للكتاب المقدس وكتابات الآباء. سامه البابا كيرلس الكبير قسًا على كنيسة الإسكندرية، فداوم على الخدمة وتعليم الشعب في عهدي البابا كيرلس والبابا ديسقورس.
سيامته بطريركيًا:
إذ تنيح البابا ديسقورس في منفاه بجزيرة غنغرا بلغ الخبر إلى الإسكندرية حيث كان الوالي غائبًا، تألم الإكليروس والشعب لنياحة أبيهم المفترى عليه تحت ستار العقيدة، لكنهم اجتمعوا في الحال وبرأي واحد استقروا على سيامة الكاهن تيموثاوس بابا لهم وإذ عاد الوالي جن جنونه وحسب هذه السيامة ثورة على السلطة البيزنطية، فقد كان يود أن يقيم لهم إنسانًا دخيلاً من مجمع خلقيدونية القائل بأن للسيد المسيح طبيعتين وإرادتين.
أخذ الوالي يضطهد المصريين، فلم يبالِ البابا بل عقد مجمعًا من أساقفة يدين فيه مجمع خلقيدونية، ويحرم كل من يقبل قراراته، وقد آزر الكل باباهم ماعدا أربعة أساقفة.
مع ديونسيوس أمير الجيش:
قام البابا تيموثاوس برحلة رعوية يتفقد فيها شعبه ويثبتهم على الإيمان، وإذ عاد إلى الإسكندرية كان الكونت ديونسيوس أمير الجيش قد وصل إلى الإسكندرية يحمل الأوامر مشددة بإخضاع المصريين للبطريرك الدخيل بروتيروس مستخدمًا كل وسائل العنف.
نفذ الكونت الأوامر، فمنع البابا من دخول الإسكندرية، الأمر الذي أثار الشعب الإسكندري، إذ حسبوا انه ليس من حق بيزنطة أن تتدخل في شئونهم الكنسية، وثارت ثورة الشعب بعنف حتى فقد الكثيرون اتزانهم ودخلوا في معركة مع الجند انتهت بقتل الدخيل بروتيروس الأمر الذي أخطأ فيه الشعب دون شك!
استخدم الوالي كل إمكانيته بقسوة لتحطيم هذا الشعب الذي يحمل تمردًا في عينيه وقد طلب من الإمبراطور مرقيان أن يصدر أمره بنفي البابا تيموثاوس وأخيه إلى جزيرة غنغرا التي نُفي إليها سلفه البابا ديسقورس.
إلى المنفى:
لكي يمعن في إذلال الشعب لم يرسل البابا إلى منفاه مباشرة عن طريق البحر وإنما أرسله عن طريق البر ليعبر بفلسطين ولبنان وآسيا الصغرى فيكون مثلاً أمام الجميع، لكن هذا العمل جعل من البابا بطلاً يستقبله المؤمنون في كل بلد بالتسابيح يطلبون بركاته.
حين بلغ البابا بيروت خرج أسقفها أوستاثيوس يستقبله بحفاوة، وتجمهر الشعب يطلب بركة البابا البطريرك.
أما والي الإسكندرية فقام بتعيين رجل يسمى سولوفاتشيولي عوض البابا تيموثاوس، قاطعه الشعب تمامًا لمدة سبع سنوات.
بعث البابا تيموثاوس من منفاه عدة رسائل إلى أهل مصر وفلسطين وإلى بعض المصريين في القسطنطينية، في الأول حذر شعبه من بدعة أوطاخي الذي أنكر حقيقة ناسوت السيد المسيح. ثم بعث رسالة ثانية يؤكد إيمانه بشهادة الكتاب المقدس وتعاليم القديسين أثناسيوس الرسولي وكيرلس الكبير وباسيليوس وغريغوريوس الناطق بالإلهيات ويوحنا ذهبي الفم، كما بعث رسالة ثالثة يؤكد إيمانه بشهادة الكتاب المقدس وتعاليم القديسين أثناسيوس الرسولي وكيرلس الكبير وباسيليوس وغريغوريوس الناطق بالإلهيات ويوحنا ذهبي الفم، كما بعث رسالة رابعة إلى الرهبان والراهبات والمؤمنين في كنيسة الإسكندرية أوضح فيها الإيمان الحق مستندًا على إحدى رسائل البابا ديسقورس. (ستجد المزيد عن هؤلاء القديسين هنا في موقع الأنبا تكلا في أقسام السير والسنكسار والتاريخ).
على أي الأحوال نجح البابا تيموثاوس بمحبته وقدسية حياته أن يكسب حب أهل غنغرا حتى دعوه "العجائبي الرحيم".
عودة البابا:
إذ مات مرقيانوس زال الملك عن آل ثيؤدوسيوس الذي حاولت بولشريا امرأة مرقيانوس وأخت ثيؤدوسيوس الاحتفاظ به بكل الطرق، فقد حاولت إغراء أخيها أن يتزوج بثانية لعلها تنجب ابنا يخلفه، ولما فشلت محاولاتها كسرت نذرها وتزوجت بمرقيان لتحتفظ بالمُلك لها ولعائلتها. كان لهذه الملكة دورها الشرير من نحو كنيسة الإسكندرية فكانت تشجع زوجها على الاستبداد بالشعب المصري.
انتقلت الإمبراطورية إلى باسيلسكوس الذي عمل على توطيد السلام في الكنيسة وإعادة المنفيين إلى كراسيهم. وقام طبيبه من الإسكندرية بدورٍ هام في عودة البابا، الذي ذهب إلى القسطنطينية ليقدم شكره للإمبراطور قبل رجوعه إلى كرسيه. هناك عقد مجمعًا حضره 500 أسقفًا كتب خطابًا دوريًا يؤكد فيه صدق إيمان البابا تيموثاوس وتثبيت إيمان المجامع المسكونية الثلاثة: نيقية والقسطنطينية وأفسس؛ كما أدان هرطقة أوطاخي وطومس لاون. حاول فريق متشيع لأوطاخي أن ينالوا موافقته على بدعتهم، فأعلن رفضه لبدعتهم تمامًا. وقد أوضح بكل قوة أن كنيسة الإسكندرية بريئة من الفكر الأوطيخي كل البراءة.
عمله الرعوي:
عاد البابا إلى الإسكندرية فخرج الكل في حب صادق وبنوة يستقبلونه، أما سولوفاتشيولي فانسحب في هدوء إلى ديره.
أعاد البابا رفات سلفه القديس ديسقورس إلى مدينته بالإسكندرية، وتفرغ لرد كل نفس تائهة وتثبيت الإيمان والاهتمام بكل احتياجات شعبه حتى رقد بعد أن قضى على الكرسي 22 سنة و11 شهرًا.